13 марта 1928 года в мюнхенских газетах появилось объявление: «С глубокой грустью сообщаем всем нашим дорогим друзьям и знакомым, что мой дорогой муж, наш дорогой отец профессор Франц Рубо, профессор Баварский королевской Академии художеств и профессор Санкт-Петербургской Академии Художеств, Рыцарь Высшего Ордена, 11 марта тихо скончался. Глубоко скорбящие родственники. Кремация состоится в среду, в 11:00 на Восточном кладбище. - Просьба воздержаться от визитов с выражением соболезнования».

Прощание с Францем Рубо прошло 14 марта на Восточном кладбище (Ostfriedhof) Мюнхена. В церемонии участвовали родные и близкие художника, представители Мюнхенского товарищества художников, бывший обер-бургомистр тайный советник фон Боршт (v. Borscht), чиновники магистрата. Президент товарищества художников профессор Кёниг (Hönig) возложил от имени товарищества лавровый венок и в последнем слове отметил Франца Рубо, как одного из старейших и верных членов товарищества, настоящего мюнхенского художника, чье имя всегда будет чтиться.

Виолончелист Хайнц Ягер исполнил мелодию Франца Шуберта «Du bist die Ruh» («Ты мой покой…»), после чего под звуки фисгармонии открылись ворота крематория…

15 марта Мюнхенское товарищество художников в заметке о смерти Франца Рубо написало: «Кремация прошла тихо».

Прах Франца Алексеевич был захоронен на кладбище бенедиктинского аббатства расположенного на острове Фрауенкимзе на озере Кимзе (Химзе), рядом с погибшей в 1912 году дочерью Анной.